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Genome Canada has invested nearly $8 million in two McGill projects as part of a total national investment of $18.1 million in genomics-based research. Through public-private partnerships, these investments will help accelerate the commercialization of genomics and increase its real-world applications.
McGill researchers Niladri Basu (Department of Natural Resource Science) and Christopher Borchers (Department of Oncology) will lead the research endeavors with partners Environment and Climate Change Canada, and MRM Proteomics, respectively.
The funds were announced April 18 by the Minister of Innovation, Science and Industry, the Honourable François-Philippe Champagne, under Genome Canada’s Genomic Applications Partnership Program (GAPP). GAPP was created to promote partnerships between industry end users, public end users and university researchers. This program helps to harness the potential of economics to increase the competitiveness of key sectors of the Québec economy. The program follows a cyclical process, launched two times per year. The scale of available funding ranges from $300,000 to $6 million per project.
McGill’s funded projects:
Validation of the use of the EcoToxChip test system for regulatory decision-making
Principal Investigators: Niladri Basu (Department of Natural Resource Science) in partnership with Rebecca Dalton (Environment and Climate Change Canada)
Total amount: $4,677,943
Canada’s Chemicals Management Plan aims to reduce the risks posed by chemicals to Canadians and the environment. However, risk assessors at Environment and Climate Change Canada (ECCC) need improved toxicity testing tools that are more efficient and affordable, less dependent on live animal studies, and better able to accelerate the throughput of chemical risk assessment. Led by Niladri Basu, Professor of Natural Resource Science and Canada Research Chair in Environmental Health Sciences, the funded project aims to advance the existing EcoToxChip Test System so that it can be accessible and trusted, while also being consistent and reliable for informing regulatory decisions.
In partnership with ECCC, the team will validate these tools for use in a range of regulatory contexts. Ultimately, the project will deliver version 2 EcoToxChips for three commonly used test species (fathead minnow, rainbow trout, zebrafish) and an updated data evaluation tool (EcoToxXplorer.ca). This new made-in-Canada system for chemical risk assessment will reduce the cost and time for chemical testing as well as boost Canadian leadership in this area.
MutaQuant: A powerful proteogenomic phenotyping tool for precision medicine
Principal Investigator: Christopher Borchers (Department of Oncology) in partnership with MRM Proteomics
Total amount: $3,029,985 In precision oncology, the current method of screening for specific genomic mutations, even using transcriptomics (the complete set of all RNA molecules), has only moderate success in predicting the success of targeted therapies for cancer. In Canada, precision oncology genomic testing costs around $40 million per year for response rates of ~52 per cent. Because proteins are the main drug targets, genomics alone can often not clarify which mutations are biologically relevant in an individual tumour.
This project will develop mass spectrometry kits that decipher the impact at the protein level of ~1000 known cancer mutations, which represent the main cancer drivers and drug targets. MRM Proteomics and Agilent Technologies will commercialize novel, validated “MutaQuant” kits, provide education on use, as well as offering a sample analysis service. There is potential for significant cost savings by preventing non-effective cancer treatment and improving patient outcomes.
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Génome Canada investit 7,7 millions dans la recherche en génomique à McGill
Les projets financés visent à réduire les risques posés par les produits chimiques pour les Canadiens et l’environnement, et à améliorer les méthodes d’oncologie de précision
Près de 8 millions de dollars sont investis dans la recherche en génomique à McGill, dans le cadre d’un investissement national total de 18,1 millions de dollars par l’intermédiaire de Génome Canada. Les chercheurs principaux Niladri Basu (département des sciences des ressources naturelles) et Christopher Borchers (département d’oncologie) dirigeront les travaux de recherche avec les partenaires Environnement et Changement climatique Canada (ECCC) et MRM Proteomics.
Ces fonds ont été annoncés par le ministre de l’Innovation, des Sciences et de l’Industrie, l’honorable François-Philippe Champagne, dans le cadre du Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG) de Génome Canada. Le PPAG vise à favoriser les partenariats entre l’industrie, des utilisateurs publics, et la recherche académique. Ce programme permet de stimuler le potentiel de la génomique pour accroître la compétitivité des secteurs clés de l’économie du Québec.
Projets financés à McGill :
Validation de l’utilisation du système de test EcoToxChip pour la prise de décision règlementaire
Chercheur principal : Niladri Basu (Department of Natural Resource Science)
Budget : 4 677 943 $
Le Plan de gestion des produits chimiques, mis en place par le gouvernement du Canada, vise à réduire les risques que posent les produits chimiques aux Canadiens et à l’environnement. Cependant, les évaluateurs de risques d’Environnement et Changement climatique Canada (ECCC) ont besoin d’outils de test de toxicité améliorés, plus efficaces et plus abordables, moins dépendants des études sur des animaux vivants, et à même d’accélérer l’évaluation des risques chimiques. Dirigé par Niladri Basu, professeur en sciences des ressources naturelles et titulaire d’une chaire de recherche du Canada en sciences de la santé environnementale, le projet financé vise à faire progresser le système d’essai EcoToxChip existant afin qu’il soit accessible et éprouvé, tout en étant cohérent et fiable pour éclairer les décisions règlementaires.
L’objectif, en partenariat avec l’ECCC, est de valider ces outils pour une utilisation dans une série de contextes règlementaires. Enfin, le projet fournira la version 2 des EcoToxChips pour trois tests d’espèces couramment utilisés (tête-de-boule, truite arc-en-ciel et poisson-zèbre) et un outil d’évaluation des données mis à jour (EcoToxXplorer.ca). Ce nouveau système canadien d’évaluation des risques chimiques réduira le coût et le temps des essais chimiques et renforcera le leadership canadien dans ce domaine.
MutaQuant : un puissant outil de phénotypage protéogénomique pour la médecine de précision
Chercheur principal : Christoph Borchers
Budget : 3 029 985,00 $
En oncologie de précision, la méthode actuelle de dépistage de mutations génomiques spécifiques même en utilisant la transcriptomique (l’ensemble complet de toutes les molécules d’ARN), ne permet de prédire que modérément le succès des thérapies ciblées contre le cancer. Au Canada, les tests génomiques d’oncologie de précision coûtent environ 40 millions de dollars par année et ont des taux de réponse d’environ 52 %. Étant donné que les protéines sont les principales cibles des médicaments, la génomique seule ne permet pas souvent de déterminer quelles mutations sont biologiquement pertinentes dans une tumeur donnée.
Ce projet mettra au point des kits de spectrométrie de masse permettant de déchiffrer l’impact, au niveau des protéines, de quelque 1 000 mutations cancéreuses connues qui représentent les principaux facteurs de cancer et les principales cibles des médicaments. MRM Proteomics et Agilent Technologies commercialiseront des trousses « MutaQuant » innovantes et validées, fourniront une formation sur leur utilisation et offriront un service d’analyse d’échantillons. Il est possible de réaliser d’importantes économies en prévenant les traitements inefficaces du cancer et en améliorant les résultats pour les patients.